Fundusze strukturalne są narzędziami Polityki Strukturalnej Unii Europejskiej. Ich celem jest wspomaganie restrukturyzacji i modernizacji gospodarek państw UE. W ten sposób wpływa się na powiększenie spójności gospodarczej i społecznej Unii Europejskiej. Fundusze kierowane są do tych działów gospodarki i regionów, które bez pomocy materialnej nie są w stanie doścignąć średniego poziomu gospodarczego w UE.
W skład Unii wchodzą regiony wysoko rozwinięte, oraz te, których poziom progresji znacznie odbiega od "średniej". Polityka Strukturalna i Fundusze mają na celu pomóc władzom centralnym i regionalnym gorzej rozwiniętych regionów w rozwiązaniu ich najważniejszych wad gospodarczych. W latach 2000-2006 były cztery Fundusze strukturalne, wdrażające cele polityki spójności Unii Europejskiej:
-Europejski Fundusz Społeczny
-Finansowy Instrument Orientacji Rybołówstwa
-Europejski Fundusz Rozwoju Regionalnego
-Europejski Fundusz Orientacji i Gwarancji Rolnej
Dodatkowo istnieje Fundusz Spójności będący narzędziem finansowym UE, nienależącym do Funduszy strukturalnych i wprowadzany na poziomie wybranych krajów, a nie regionów. Jego celem jest uproszczenie integracji słabiej rozwiniętych państw poprzez budowę sieci transportowych oraz budynków ochrony środowiska o sensie ponadregionalnym.
W latach 2007-2013, w wyniku reformy polityki spójności, ilość Funduszy strukturalnych została zmniejszona do dwóch: Europejski Fundusz Społeczny i Europejski Fundusz Rozwoju Regionalnego. Do podstawowego nurtu programowania został dołączony także Fundusz Spójności, który w latach 2007-2013 będzie podlegał podobnym regułom, jak Fundusze strukturalne. Natomiast Fundusze wspierające inwestycje w dziedzinie rolnictwa i rybołówstwa zostały włączone właściwie do Wspólnej Polityki Rolnej i Wspólnej Polityki Rybackiej.